Bioinformática Avanzada
Curso extraordinario impartido en la Universidad de Salamanca en 2014
El curso se impartirá en cuatro sesiones de 2h de duración, durante la semana del 27 de octubre, en el Aula de Informática 2 del Edificio Dioscórides (Campus Unamuno, junto a la Facultad de Biología).
Este curso está orientado a estudiantes de grado, doctorado o a investigadores postdoctorales con un interés en la bioinformática a un nivel avanzado: desarrollo de programas y soluciones algorítmicas.
Perfil : biólogos o biotecnólogos con interés en la bioinformática o ingenieros informáticos o carreras afines con interés en la biología.
Requisitos : conocimientos básicos de programación en cualquier lenguaje: variables, control de flujo, entrada/salida. Por ejemplo, bastarían los obtenidos en la asignatura Informática del Grado de Biotecnología o Programación I del Grado en Ingeniería Informática.
Calendario : A continuación se muestra el calendario tentativo de las sesiones. Es posible que, dependiendo del público y de las materias, las sesiones se adelanten, retrasen o alarguen según las necesidades de los estudiantes.
Sesión Fecha Tema
1 28 oct Introducción (18:15 a 20:15)
Haremos una introducción a Python como lenguaje de programación que utilizaremos durante el curso, con pequeños ejemplos biológicos que nos llevarán a calcular cadenas de nucleótidos inversas o complementarias, o a contar el número de nucleótidos en una secuencia.
2 29 oct Búsqueda de motivos (16:30 a 19:00)
Plantearemos distintos problemas relacionados con la búsqueda de patrones en secuencias de DNA, con el objetivo final de identificar orígenes de replicación en bacterias. Para ello recurriremos a la programación en Python que vimos en la primera sesión
3 30 oct Búsqueda de motivos (II) (16:30 a 19:00)
Una vez identificados los orígenes de replicación, nos damos cuenta de que la biología no es tan sencilla: el código genético es degenerado, existen mutaciones puntuales que pueden hacer que los motivos sean difíciles de encontrar. Plantearemos estos problemas biológicos, y sus implicaciones computacionales y estadísticas , hasta llegar a localizar cajas DnaA en el oriC de E coli .
4 31 oct Conclusiones (16:00 a 17:30)
Hablaremos brevemente del desarrollo biotecnológico en los últimos años y las perspectivas de futuro , resumiendo los principales desafíos en los que la bioinformática es y será clave. Haremos una pequeña introducción a tutoriales para aprender a programar , y a continuación un debate sobre algunos de los temas tratados.
Para profundizar sobre el tema, desde un punto de vista más teórico y biológico, está disponible el material desarrollado para la asignatura de Bioinformática de la Licenciatura en Biotecnología.
MareNostrum, supercomputador del BSC/CNS , construido en el interior de una iglesia de Barcelona y utilizado frecuentemente para tareas bioinfomáticas
